«بیش از دو هفته پیش من به رهبران طالبان مجموعه‌یی از خواست‌های مشخص و واضح را مطرح کردم: بستن اردوگاه‌های آموزشی تروریستان، تحویل رهبران القاعده [به آمریکا]، بازگرداندن شهروندان خارجی از جمله شهروندان آمریکا که به ناحق در کشور شما [افغانستان] در بازداشت هستند. هیچ یک از این خواست‌ها برآورده نشد و اکنون طالبان بهایی پرداخت خواهند کرد.»
این متن، بریده‌یی از بیانیۀ جرج بوش، رئیس‌جمهور پیشین آمریکاست که در ۷ اکتبر سال ۲۰۰۱ ایراد شد. طی این بیانیه بوش دستور آغاز حمله به مناطق زیر حاکمیت طالبان که «عملیات آزادی بلندمدت یا Operation Enduring Freedom » نامیده می‌شد را صادر کرد.
پس از کشته‌شدن سه هزار انسان بی‌گناه در نتیجۀ حملات یازده سپتامبر توسط شبکۀ القاعده در خاک آمریکا، ابرقدرت جهان از خشم به خود می‌پیچید و در اندیشۀ انتقام بود. دستور حمله به افغانستان حدود ۲۶ روز پس از حملۀ یازده سپتامبر صادر شد. در این مدت برای ملامحمد عمر فرصت داده شد که بین امارت محبوبش و دوست به‌جان‌برابرش، یکی را انتخاب کند. پرویز مشرف، رئیس جمهور پیشین پاکستان در کتاب «در خط آتش» می‌نویسد که پیش از ۷ اکتبر پنجره‌یی گشوده شده بود که بن‌لادن می‌توانست از آن خارج شود، و امارت سلامت بماند.
اسامه‌بن‌لادن در زمان جنگ علیه شوروی سابق در افغانستان، به پاکستان آمد و شاگردی عبدالله عزام را پذیرفت. بن‌لادن با استادش برای شکست شوروی دست دوستی پاکستان و آمریکا را فشردند و به صورت متحدانه به مجاهدین افغانستان امکانات لوژستیکی فراهم کردند. در زمان تصرف کویت توسط نیروهای صدام حسین، رئیس جمهور وقت عراق، بن‌لادن به حضور نیروهای آمریکایی، در وطن اصلی خود عربستان مخالفت کرد و از آن‌جا به سودان رانده شد. پس از این تاریخ، رابطه میان او و متحد سابقش (آمریکا) شکرآب گردید.
امارت ملاعمر در ظرف یک ماه بر باد رفت. او سوار بر موترسایکلی پناه‌گاه خود را ترک کرد، همان‌گونه که حامد کرزی همشهری ملاعمر، سوار بر موترسایکل وارد افغانستان شد و به کرسی قدرت تکیه زد.
در سودان، بن‌لادن عزم کرد تا تجاربی را که زیر سایۀ آمریکا در پاکستان آموخته بود، علیه آمریکا به کار گیرد. آمریکا از نیت بن‌لادن آگاه شد و به سودان فشار آورد، او را از این کشور خارج کند. در این زمان حکومت مجاهدین از بن‌لادن دعوت کرد به افغانستان بیاید و هواپیمای چارترشدۀ شرکت آریانا بن‌لادن را در سال ۱۹۹۶ به جلال‌آباد آورد. وحید مژده، کارشناس فقید امور طالبان و مقام پیشین وزارت خارجه در زمان طالبان در یک گفت‌وگو با بی‌بی‌سی گفته است که مجاهدین به هدف میانجی‌گری میان جناح‌های متخاصم مجاهدین، از بن‌لادن به افغانستان دعوت کردند، اما پس از ظهور گروه طالبان، بن‌لادن فتوای جهاد علیه مجاهدین پیشین را صادر کرد.
به گفتۀ مژده، طالبان در اولین دیدار به بن‌لادن گفتند که نه‌تنها مهمان بلکه صاحب خانه است. روابط میان ملاعمر و بن‌لادن به شدت استحکام یافت و او در مراسمی که ملاعمر به عنوان امیرالمومنین انتخاب شد به ملا بیعت کرد. بن‌لادن در افغانستان جهاد علیه آمریکا و غرب را اعلام کرد. در سال ۱۹۹۸ میلادی انفجارهایی که توسط سازمان القاعده در نزدیک سفارت‌خانه‌های آمریکا در کنیا و تانزانیا انجام شد، ۲۵۰ تن به شمول شمار محدودی از شهروندان آمریکا کشته شدند؛ پس از آن بود که بن‌لادن در محراق توجه آمریکا قرار گرفت.
وکیل‌احمد متوکل، وزیر خارجۀ زمان حاکمیت طالبان در یکی از مصاحبه‌هایش می‌گوید که رهبری طالبان از شنیدن خبر ۱۱ سپتامبر متحیر شدند. اما گزارش‌ها نشان می‌دهد که رهبری طالبان از وقوع چنین حادثه‌یی به صورت کلی در جریان بودند. به نقل از وحید مژده، شماری از اعضای القاعده پیش از حملات یازده سپتامبر به طالبان گفته بودند که مواد انفجاری در جایی جابه‌جا شده که در آن ۵ هزار تن کشته خواهند شد و با آن، زوال آمریکا آغاز می‌یابد.
روابط ملاعمر و بن‌لادن از پیوند ایدئولوژیک فراتر رفته بود. ویب‌سایت انگلیسی بی‌بی‌سی در گزارشی که به مناسبت مرگ ملاعمر منتشر کرده، این ادعا را مطرح کرده است که ملاعمر دختر بزرگ بن‌لادن و بن‌لادن دختر ملاعمر را به زنی انتخاب کرده بودند.
پرویز مشرف، رئیس جمهور پیشین پاکستان، حامی اصلی تحریک طالبان در کتاب خود نوشته که حادثۀ ۱۱ سپتامبر هیچ تأثیری روی ملاعمر نگذاشت. به نقل از کتاب، ملاعمر گفت : «این حادثه مجازات خداوند برای بی‌عدالتی‌ها علیه مسلمانان بود.» به نقل از کتاب مشرف، مذاکره با ملاعمر برای تحویل‌دادن بن‌لادن بسیار دشوار بود و به «کوبیدن سر ملاعمر به دیوار شباهت داشت.»
مشرف می‌نویسد که در آن هنگام استراتیژی پاکستان این بود که امارت طالبان از سوی شماری از کشورهای جهان به رسمیت شناخته شود تا از راه فشار دپلوماتیک اسامه‌بن‌لادن از افغانستان خارج گردد. به نقل از کتاب در خط آتش، مشرف برای نجات امارت «بی‌نهایت» سعی کرد. او به ملاعمر پیام فرستاده بود که کشورش ویران خواهد شد، اما ملا به این عقیده بوده که آمریکا را شکست خواهد داد.
سه سال پیش از حادثۀ ۱۱ سپتامبر در سال ۱۹۹۸، عربستان سعودی و پاکستان دو کشوری که امارت طالبان را به رسمیت شناخته بودند، از ملاعمر خواستند اسامه را از افغانستان اخراج کند. به نقل از «در خط آتش»، ملاعمر به شاهزداه ترکی‌الفیصل، رئیس وقت استخبارات عربستان در واکنش به درخواست اخراج بن‌لادن گفته بود «اگر مهمانم نمی‌بودی بلای وحشتناکی بر سرت می‌آوردم.»
روابط ملاعمر و بن‌لادن از پیوند ایدئولوژیک فراتر رفته بود. ویب‌سایت انگلیسی بی‌بی‌سی در گزارشی که به مناسبت مرگ ملاعمر منتشر کرده، این ادعا را مطرح کرده است که ملاعمر دختر بزرگ بن‌لادن و بن‌لادن دختر ملاعمر را به زنی انتخاب کرده بودند.
عمر داوودزی، نمایندۀ ویژۀ محمداشرف غنی برای پاکستان که در زمان طالبان به عنوان کارمند سازمان ملل متحد در کندهار با طالبان دیدار داشته، در سلسله یادداشت‌هایش که در روزنامۀ هشت صبح زیر عنوان «روایت صلح از کجا تا این‌جا؟» منتشر شده می‌نویسد که در اوایل ۱۹۹۸ میلادی در شهر کندهار به ساختمان‌سازی‌‌یی مواجه شده که در آن زمان مانند نداشته است. به نوشتۀ داوودزی، پس از جست‌وجو روشن شده است که بن‌لادن زمینی را به ارزش ۲۲ میلیون کلدار پاکستانی برای ملاعمر خریده و در آن برای ملا خانه می‌سازد. او می‌گوید: «این خانه که به قلعۀ‌جنگی مستحکم شباهت داشت، نشان‌دهندۀ ایجاد رابطۀ بسیار نزدیک و دوستانه میان بن‌لادن و ملامحمد عمر مجاهد بود. به گمان اغلب، این بهترین تحفۀ بن‌لادن به آقای مجاهد بود.»
تهدید آمریکا را ملاعمر به پشیزی نخرید، اما به محض این که کولین پاول، وزیر خارجۀ پیشین وزارت خارجۀ آمریکا یک روز پس از حادثه یازده سپتامبر به پرویز مشرف، رئیس جمهور پاکستان حامی اصلی امارت طالبان گفت که «یا با ما یا علیه ما» مشرف درنگ نکرد و گفت با شما. مشرف بعدتر آگاه شد که ریچارد آرمیتاژ، معاون وزارت خارجۀ آمریکا به رئیس آی‌اس‌آی گفته بود، «اگر جانب تروریستان را بگیرید، چنان بمبارانی خواهید شد که به عصر حجر بر بگردید.»
به هر حال، ملاعمر به خواست بی‌قیدوشرط آمریکا برای تسلیم‌کردن بن‌لادن پاسخ رد داد و در چنین روزی به تاریخ ۷ اکتبر باران بمب از هواپیماهای آمریکایی بر مواضع طالبان در افغانستان باریدن گرفت.
به گزارش روزنامۀ گاردین که در اکتبر ۲۰۰۱ منتشر شده، حاجی عبدالکبیر، فرد شماره سوم امارت طالبان، ۸ روز پس از آغاز بمب‌باران نیروهای مشترک آمریکا و بریتانیا بر افغانستان، از آمریکا خواست بمب‌باران را متوقف کند. فرد شماره سوم طالبان گفت که آنان آمادۀ مذاکره‌اند. جورش بوش در پاسخ به این درخواست گفت که بن‌لادن گنهگار است و تا زمانی که بی‌قیدوشرط به دولت آمریکا سپرده نشود، بمب‌باران متوقف نخواهد شد؛ امارت ملاعمر در ظرف یک ماه بر باد رفت. او سوار بر موترسایکلی پناه‌گاه خود را ترک کرد، همان‌گونه که حامد کرزی همشهری ملاعمر، سوار بر موترسایکل وارد افغانستان شد و به کرسی قدرت تکیه زد.
