پس از کشته شدن دو فرماندۀ مشهور القاعده در افغانستان نگرانیها از وجود و فعالیت این گروه در افغانستان بیشتر شد، اما این که آیا گروه القاعده عملاً در کشور حضور دارند؟ دولت وزیری، سخنگوی وزارت دفاع ملی به سلاموطندار میگوید، در حال حاضر گروه القاعده عملاً در افغانستان حضور ندارند و تنها با گروههای هراسافگنی دیگر به گونۀ پراگنده همکاری می کنند.
او میگوید که گروه القاعده منابع مالی زیادی دارد و همکاری این گروه با دیگر گروههای هراسافگنی میتواند تهدید جدیی برای افغانستان باشد.
اما، شماری از آگاهان سیاسی و نظامی بدین باور اند که القاعده در افغانستان عملاً حضور دارد، اما حضور این گروه گسترده نیست.
فردوس کاوش، آگاه سیاسی میگوید، القاعده با گروه طالبان همکاری نزدیک دارد و افراد این گروه بیشتر در بخشهای زیر ادارۀ طالبان حضور دارند.
عزیزالله پیلوت، آگاه نظامی میگوید، تمامی گروههای هراسافگنی به شمول القاعده، داعش و طالبان از یک منبع تمویل میشوند و تمامشان به گونۀ مشترک برای افغانستان یک تهدید به شمار میروند.
القاعده به عنوان یک گروه هراسافگنی در زمان حضور شوروی پیشین در افغانستان، توسط اسامه بن لادن در شهر پشاور پاکستان ایجاد شد و پس از کشته شدن بن لادن، ایمن الظواهری رهبری این گروه را برعهده دارد.