شماری از نهادهای مدنی با انتقاد از فیصلۀ دادگاه در پیوند به پروندۀ قتل فرخنده، می‌گویند که با این پرونده برخوردی سیاسی شده است.
به باور این نهادها، برخورد غیرعادلانه با این پرونده، سبب تکرار قتل‌های شبیه به قتل فرخنده می‌شود.
محبوبه سراج فعال حقوق زن و عضو شبکۀ زنان افغان می‌گوید که فیصله دادگاه علیه 19 پولیس، سیاسی بوده و دادگاه در صدور احکام برای شهروندان و پولیس برخوردی دوگانه داشته است.
به باور بانو سراج، دستگاه قضایی نباید فیصله‌هایش را زیر فشار جو سیاسی صادر کند؛ زیرا اعتبار و حیثیت ارگان‌های قضایی نزد مردم ازبین خواهد رفت.
نهادهای مدنی در اعلامیه‌یی، خواهان تأمین عدالت از سوی دستگاه قضایی و حمایت جدی رییس جمهور و رییس اجرایی از محاکمۀ عادلانه و منصفانه شدند.
در اعلامیه آمده است که نهادهای مدنی پروندۀ فرخنده را به گونۀ دقیق دنبال می‌کنند تا «موارد نقض شده» در روند محاکمه را روشن سازند.
اما صفی‌الله مجددی قاضی پروندۀ فرخنده به سلام‌وطندار گفت که فیصلۀ آن‌ها قانونی و عادلانه بوده و هیچ‌گونه برخورد یا ملاحظه‌یی سیاسی در صدور احکام در کار نبوده است.
دادگاه ابتدایی پروندۀ قتل فرخنده، از میان 49 متهم 4 تن‌شان را به اعدام، 8 تن را به 16 سال حبس و 18 تن دیگر را بی‌گناه شناخت.
دادگاه هم‌چنان 11 افسر پولیس، به شمول آمر حوزۀ دوم امنیتی شهر کابل را به اتهام غفلت وظیفه‌یی به یک سال حبس محکوم کرد.
فرخنده ملک‌زاده 28 حوت سال گذشته، در مرکز شهر کابل و در نزدیکی ارگ ریاست جمهوری، به اتهام قرآن‌سوزی توسط مردان خشمگین به صورت فجیعی به قتل رسید.
