حادثۀ تروریستی یازده سپتامبر، نقطۀ عطفی در روابط غرب با دنیای اسلام محسوب می‌شود. این حادثۀ تروریستی را شبکۀ القاعده طرح‌ریزی کرد. سازمان القاعده به رهبری اسامه بن لادن که در سال دوهزارویک، محل استقرار و سوق و اداره‌اش افغانستان بود، در سال 1997 با غرب و ایالات متحده اعلام جنگ کرد. بن لادن در همان سال با انتشار اعلامیه‌یی، کشتن آمریکایی‌ها ـ اعم از نظامی و غیرنظامی ـ را مکلفیت هر مسلمان دانست. وی که در آن زمان در افغانستان به سر می‌برد، با ملامحمدعمر رهبر وقت طالبان بیعت کرد. بعید به نظر می‌رسد که اعلامیه‌های بن لادن بدون استیذان ملامحمدعمر به نشر رسیده باشند.
در سال 1998 شبکۀ القاعده، سفارت‌خانه‌های آمریکا در کنیا و تانزانیا را هدف قرار داد. در سال 1999 نیز یک ناو نظامی آمریکا در بندر عدن مورد حمله‌یی تروریستی قرار گرفت. این حملۀ تروریستی نیز به القاعده نسبت داده شد. پس از سال 1999 رهبر القاعده تز جدیدی را مطرح کرد. بر مبنای این تز، بن لادن و سازمان زیر امرش تصمیم گرفتند تا جنگ را به خاک آمریکا انتقال دهند. حادثۀ تروریستی یازده سپتامبر، در واقع تحقق عملی همین تز بود. با برخورد هواپیماهای مسافربری به برج‌های سربه‌فلک کشیدۀ سازمان تجارت جهانی در نیویارک و برخورد یک هواپیمای دیگر به پنتاگون، مقر وزارت دفاع آمریکا، نمادهای ثروت و قدرت نظامی آمریکا هدف حمله قرار گرفت.
این اولین حملۀ مستقیم به خاک آمریکا پس از جنگ معروف به «پرل هارپر» بود. در آن جنگ، هواپیماهای جاپانی به بندر پرل‌هارپر حمله کردند و این حمله سبب کشاندن پای ایالات متحده به جنگ جهانی دوم شد. حملۀ تروریستی یازده سپتامبر، نیز آمریکا و غرب را وارد نبردی ساخت که در ادبیات سیاسی کشورهای غربی، به آن «جنگ با تروریسم» خوانده می‌شود. همچنان حملۀ تروریستی یازده سپتامبر آخرین میخ را بر نظریۀ گفت‌وگوی تمدن‌ها کوبید. سازمان ملل متحد سال 2000 را سال گفت‌وگوی تمدن‌ها اعلام کرده بود و در این سال همایش‌های گوناگونی در این مورد در بیشتر نقاط جهان برگزار شد. اما با وقوع حمله‌های تروریستی یازده سپتامبر، این بحث به یک باره کنار گذاشته شد و نظریۀ سامویل هانتینگتون، نظریه‌پرداز معروف آمریکایی، مورد توجه همه‌گان قرار گرفت.
هانتینگتون در سال 1992 کتابی زیر نام جنگ تمدن‌ها نوشت. در آن سال تازه جنگ سرد به پایان رسیده بود. تصور می‌شد که پس از این دیگر دنیا گل‌وگلزار خواهد شد و دیگر هیچ گونه جنگ و درگیری‌یی بر آسمان سیاست بین‌الملل سایه نخواهد افگند. این نظریات خوش‌بینانه به محافل آکادمیک غرب نیز راه یافته بود. در آن زمان بسیاری فکر می‌کردند که عصر پایان تاریخ فرارسیده است. لیبرالیسم و دمکراسی نظریه و الگوی مسلط سیاست در دنیا است و دیگر جهان شاهد جنگ‌های عظیم و رقابت‌هایی شبیه جنگ سرد نخواهد بود.
اما این هانتینگتون بود که خلاف جریان آب شنا کرد. او با انتشار کتاب جنگ تمدن‌ها در سال 1992، به جهانیان هشدار داد که تقابل خونین تمدن‌ها در راه است. فشردۀ کلام هانتینگتون در آن کتاب این بود که تمدن غربی پس از این با تمدن‌های رقیب وارد جنگ خواهد شد. او پیش‌بینی کرده بود که خونبارترین تقابل میان تمدن غرب و تمدن اسلام روی خواهد داد. نظریۀ هانیتنگتون در آن زمان زیر ذره‌بین نقد رفت و تز «گفت‌وگوی تمدن‌ها» در برابر نظریۀ او بپاخاست. سازمان ملل متحد نیز نظریۀ گفت‌وگوی تمدن‌ها را جدی گرفت و سال دوهزار را به این نام مسما کرد. اما با رویداد تروریستی یازده سپتامبر، بر نظریۀ گفت‌وگوی تمدن‌ها نقطۀ پایان گذاشته شد. با وقوع این رویداد، نظریۀ برخورد تمدن‌ها مورد توجه بیشتر قرار گرفت.
برخی از سیاست‌مداران آمریکایی و اروپایی اعلام کردند که تمدن آنان از سوی بیگانه‌گان مورد حمله قرار گرفته است. جورج بوش رییس جمهور وقت آمریکا به روشنی به مردم آمریکا گفت که القاعده و متحدانش از آزدای و ارزش‌های «ما» نفرت دارند. روشن بود که «ما» در این‌جا دلالت میهنی و ملی نداشت، بل‌که منظور بوش تمدن غربی بود. بوش در سخنرانی‌اش پس از یازده سپتامبر گفت که القاعده و متحدانش می‌خواهند کل جهان را به رنگ خویش درآورند و باورهای خود را به تمام مردم جهان تحمیل کنند. بوش گفت، آرمان این سازمان ایجاد نظام حکومتی «خلافت» است که کل خاورمیانه، جنوب آسیا، شاخ آفریقا و آسیای میانه را دربر می‌گیرد. بوش همچنان افزود که خلافت آرمانی القاعده اروپا و آمریکا را نیز دربر می‌گیرد.
موضع القاعده نیز چیزی غیر از این نبود. اسامه بن لادن یک روز پس از حملۀ جنگنده‌های آمریکا به مقر القاعده و طالبان در افغانستان اعلام کرد که نبرد او و همپیمانانش با «جاهلیت معاصر» آغاز شده است. بن لادن در یک نوار تصویری که از الجزیره پخش شد، از تعبیر جاهلیت معاصر برای توصیف تمدن معاصر غرب استفاده کرد. این تعبیر را بن لادن از سیدقطب، یکی از نظریه‌پردازان سازمان اخوان‌المسلمون مصر به عاریت گرفته بود. سیدقطب در نوشته‌هایش، سوسیالیسم، لیبرالیسم، دمکراسی و سایر نظریات فلسفۀ سیاسی تمدن معاصر را جاهلیت خواند و از مسلمانان خواست تا علیه حکومت‌های دمکراتیک و سوسیالیستی در کشورهای‌شان بجنگند. بن لادن نیز از وی الهام گرفته بود. طالبان در آن زمان تنها حکومتی بودند که دمکراسی را به صراحت رد می‌کردند و نظام‌شان را مقدس و آسمانی می‌خواندند. طالبان خشن‌ترین خوانش از مجازات‌های فقهی را در افغانستان آن زمان به اجرا گذاشتند و یک موی هم از موضع‌گیری‌شان کوتاه نیامدند.
ادبیات بن لادن، جرج بوش و همچنان موضع طالبان در حمایت از بن لادن، از دید بسیاری مصداق روشن جنگ تمدن‌ها بود. یک طرف از دمکراسی و حقوق انسان سخن می‌گفت و طرف دیگر از جاهلیت معاصر، نظام مقدس امارت و فضیلت کشتن کفار. هر دو طرف، هویت تمدنی خود را در جنگ رسانه‌یی برجسته می‌کردند. اما واقعیت این بود و کماکان است که طالبان و القاعده در دنیای اسلام اقلیتی بیش نبودند. طالبان در شمال افغانستان با مقاومت جدی روبه‌رو بودند. بیشتر شهروندان افغانستان نیز حاکمیت آنان را نمی‌خواستند. طالبان و القاعده به هیچ‌وجه نمی‌توانستند از چیزی به نام تمدن اسلام نماینده‌گی کنند.
در جنگ بر ضد طالبان و القاعده، تمام کشورهای مسلمان در کنار آمریکا ایستادند و حاکمیت طالبان در نتیجۀ فشار نظامی جامعۀ جهانی ساقط شد. سازمان القاعده نیز یک دهه پس از رویداد تروریستی یازده سپتامبر، تضعیف شد و رهبر آن در سال 2011 توسط کوماندوهای آمریکایی به قتل رسید. اما نبرد غرب و آمریکا با گروه‌های افراط‌گرا در دنیای اسلام پایان نیافته است. گروه‌های افراط‌گرای مسلمان هنوز هم تهدیدی جدی برای دولت‌های ملی و دوست آمریکا محسوب می‌شوند. مثلاً گروه طالبان، تهدیدی جدی برای دولت افغانستان است. همچنان بخش‌هایی از قلمرو عراق و سوریه در اختیار گروه خلافت‌گرای ابوبکر البغدادی قرار گرفته است. در داخل کشورهای غربی هم گاه‌گاهی حملات تروریستی صورت می‌گیرد. برخی از سیاست‌مداران غربی، هنوز هم اسلام افراطی را بزرگ‌ترین تهدید، برای تمدن معاصر می‌دانند.
اما واقعیت دیگر این است که گروه‌های افراطی نظیر القاعده، طالبان و داعش، تهدیدی بالقوه برای آن‌چه که تمدن اسلام خوانده می‌شود، به شمار می‌روند. این گروه‌ها علاوه بر این که تمدن معاصر را به رسمیت نمی‌شناسند، در مقابل تفسیر عرفانی، فلسفی و کلامی از اسلام نیز شمشیر کشیده اند. آن‌ها کثرت‌گرایی درون‌دینی را نیز نمی‌توانند بپذیرند. به بیان دیگر این گروه‌ها، جنگی درون‌تمدنی را در عالم اسلام به راه انداخته اند.
در خاورمیانه با به راه افتادن جنگ‌های فرقه‌یی، بسیاری از مسلمانان دگراندیش مورد تکفیر قرار گرفته اند. در افغانستان، طالبان هر مسلمانی را که ایدیولوژی آنان را نپذیرد، سزاوار کشتن می‌دانند. آنان قتل افسر، سرباز و کارمند دولت افغانستان را مجاز می‌شمارند. این وضعیت ایجاب می‌کند که تمام کشورهای غربی و دنیای اسلام، در برابر گروه‌های افراطی متحد شوند و ریشۀ آنان را بخشکانند.
