شماری از آگاهان می‌گویند که برخی از افراد و گروه‌ها با نفوذ به دستگاه حکومت، در پی برکناری افراد کلیدی قوۀ اجرایی هستند و می‌خواهند با این کار، ساختار سیاسی کشور را به نابودی بکشانند. این گفته‌ها زمانی اوج گرفت که رحمت‌الله نبیل رییس امنیت ملی کشور، هنگام اشتراک رییس جمهور در نشست قلب آسیا، متنی را در مورد عدم صداقت پاکستان در مقابل افغانستان، در صفحۀ فیس‌بوکش منتشر کرد. آقای نبیل در این نوشته، از رویۀ ملایم رییس جمهور در دیدار با همتای پاکستانی‌اش به شدت انتقاد کرد.
آقای نبیل در بخشی از متن خود گفته بود: «همان لحظه‌يى كه نوازشريف در كنفرانس امروز يك بار ديگر اعلان كرد كه دشمن افغانستان دشمن پاكستان است، همزمان در همان لحظه، هموطنان بي‌گناه ما در فاميلى‌هاى ميدان هوايي قندهار و ولسوالى خانشين هلمند و تخار و بدخشان و… به شهادت مي‌رسيدند و ذبح مي‌شدند و كم از كم يك هزار ليتر خون هموطنان بي‌گناه ما كه به يقين معادل رنگ سرخ همان قالينى است كه ما بالايش قدم‌هاى (كت‌واك) گذاشتيم بودند».
با این که بارها سران حکومت وعدۀ سیاسیت‌زدایی از نهادهای امنیتی را داده اند، اما آگاهان می‌گویند که برخی از قدرت‌های سیاسی درون‌حکومتی، خواهان کنترل هدفمندانۀ نهادهای امنیتی افغانستان هستند.
جاوید کوهستانی آگاه امور سیاسی، در گفت‌وگویی با سلام‌وطندار می‌گوید که شعار غیرسیاسی ساختن نهادهای امنیتی صرفاً بیانی تبلیغی و ابزاری است و عملی شدن آن غیرممکن است. به گفتۀ آقای کوهستانی، قدرت‌های سیاسی در پی کنترل مستقیم نهادهای امنیتی و نظامی افغانستان هستند تا با مدیریت این نهادها اهداف خود را عملی سازند.
عتیق‌الله امرخیل، کارشناس امور نظامی نیز دلیل عمدۀ برخوردهای سلیقه‌یی در گزینش و برکناری برخی از کارمندان حکومتی را ساختار دوگانۀ حکومت وحدت ملی دانست. آقای امرخیل حضور شماری از افراد مغرض را در نهادهای امنیتی، تهدیدی بزرگ برای امنیت کشور دانست.
این آگاهان از سران حکومت وحدت ملی می‌خواهند تا نهادهای امنیتی را از زدوبندهای سیاسی دور نگه دارند و بیش از این اعتماد مردم را به نظام از دست ندهند.
